Цели деятельности Центра балтистики следующие:
- поддержание и развитие научных традиций МГУ имени М. В. Ломоносова в области балтистики;
- развитие балтистики в России (изучение языка, истории, культуры балтийских народов);
- профессиональная подготовка студентов (специальности «Балтистика. Литовский язык. Второй иностранный язык — немецкий»; «Балтистика. Латышский язык. Второй иностранный язык — немецкий»);
- подготовка научных кадров и повышение их квалификации;
- развитие сотрудничества в области балтистики между учеными и научными организациями России, Литвы и Латвии, а также других стран, в которых развивается балтистика;
- популяризация научного знания в области балтистики среди молодёжи, и всех тех, кого интересуют литовский и латышский языки, литературы, культуры;
- расширение возможных форм профессионального и культурного общения, академического и научного сотрудничества, развитие и расширение форм многосторонних связей, сохранение и продолжение культурных, литературных и языковых традиций взаимодействия народов (с выходом на национальные диаспоры в РФ);
- организация просветительской деятельности среди школьников и молодёжи, а также всех тех, кого интересуют литовская и латышская культуры, литературы, языки ( в современности и в истории);
- содействие междисциплинарным научным контактам ученых различных направлений.